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适用于Ion PGM™测序仪的400 bp测序试剂

核心提示: Life Technologies公司近日宣布,适用于Ion PGM™测序仪的400 bp测序试剂盒已上市。读长的改善使产量增加,也带来了更完整的细菌de novo组装。目前Ion 318™芯片上的400 bp运行的产量可达1-2 Gb。

  【中国生物产业网www.cnbioindustry.cn】2012年12月28日讯  Life Technologies公司近日宣布,适用于Ion PGM™测序仪的400 bp测序试剂盒已上市。读长的改善使产量增加,也带来了更完整的细菌de novo组装。目前Ion 318™芯片上的400 bp运行的产量可达1-2 Gb。

  德国明斯特大学的Dag Harmsen教授去年曾使用Ion PGM™ 测序仪来追踪致命的大肠杆菌。他认为:“Ion Torrent准确的400 bp长读取实现了出色的细菌de novo组装。不一定需要末端配对读取,才能获得最好的结果。”

  据了解,测序读长的增加源自半导体芯片测序系统的改进,包括文库扩增、测序聚合酶以及测序反应条件。测序过程中使用了一种新的突变酶,它表现出高的准确性和持续测序能力。这一试剂盒适用于那些需要捕获长外显子中所有遗传变异的应用。例如,有些研究人员需要了解人类白细胞抗原(HLA)基因或16S核糖体基因的遗传数据,这时,长读取就很关键。

  亚利桑那癌症中心的研究助理教授George Watts博士表示:“如果没有长的400 bp读取,根本不可能在Ion PGM上测序细菌16S rRNA基因的V1-V2区域。使用400 bp读取,让我们能够增加扩增子的信息密度,从而更好地确定复杂微生物群体的组分。”

  Ion PGM测序仪在两年前上市,与它同时发售的是Ion 314™芯片,产量大约为10 Mb。两年来,Life Tech陆续发售了Ion 316™和Ion 318™芯片,产量提高了100倍以上。以下是三种芯片的性能参数同时,Ion PGM™和Ion Proton™测序仪的准确性也有所改善。新的Torrent Suite v3.4整合了原始读取准确性和一致变异检出的算法改进。这些改进让这两款测序平台能够实现>99.996%的一致准确性。

  此外,Life Tech还推出另两款新产品。Ion Total RNA-Seq Kit for AB Library Builder™,它让cDNA文库制备变得简单、快速且灵活,Thermo Scientific® MuSeek™ Library Preparation Kit, 它利用MuA转座酶来片段化DNA,同时加上标签,从而省去了剪切和连接接头的步骤,让文库制备可在90分钟内完成。

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编辑:Cassie.D

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